Забыли выставить реализацию: что делать

Если в вашем договоре с заказчиком есть условие, что услуги считаются оказанными с момента подписания акта сдачи-приемки, тогда для вашей ситуации будет актуально Письмо Минфина, где сказано следующее. В случае, когда заказчик не подписал акт сдачи-приемки выполненных работ, однако имеется решение суда, из которого следует, что условия договора о выполнении работ подрядчиком выполнены, днем выполнения работ для целей НДС считается день вступления в силу решения суда <Письмо Минфина от 02.02.2015 N 03-07-10/3962>.
Допустим, суд вы выиграете. Но если на тот момент вы продолжите применять УСНО, получается, что услуги Заказчику будут оказаны «упрощенцем», которые, как известно, НДС не платят <п. 2 ст. 346.11 НК РФ>. А значит, счет-фактуру Заказчику вы выставлять не должны.
Если вам удастся исполнить решение суда, и вы получите с Заказчика деньги в оплату оказанных услуг, то вы просто учтете их в доходах для целей уплаты налога при УСНО <п. 1 ст. 346.15 НК РФ>.
Если же в вашем договоре с Заказчиком ничего не сказано о том, когда услуги считаются оказанными, тогда они относятся к тому периоду, когда фактически были оказаны <п. 5 ст. 38, п. 1 ст. 167 НК РФ>.
Таким образом, если услуги фактически были вами оказаны в одном из кварталов 2013 года, тогда у вас, безусловно, возникает необходимость подать уточненку по НДС и доплатить недоимку и пени <п. 1 ст. 54, п. 1 ст. 81 НК РФ>.